消毒剂的消毒效果，无论是消毒产品生产厂商自检还是由第三方实验室检验，当检验结果不符合既定标准时，对于生产商来是比较头疼的问题。这就需要明确检验结果不符合标准的原因。通常，很难找出确切的原因，也就是说找出消菌剂对特定生物体或特定物体表面消毒效果未达标的确切原因非常具有挑战性。
证明消毒剂消毒效果的实验，有许多因素会影响实验结果，如果不小心控制，将导致实验结果出现偏差。检验方法的选择至关重要，即使是同一批次的相同产品，使用不同的检测方法得到的结果可能会存在很大的差异。在选择了适当的方法后，必须严格控制其他条件，这些条件中的任何一个都可能是实验失败的原因，当几个条件同时出现时，失败的可能性就会成倍增加。这些条件包括：
一：阅读消毒剂产品标签
在开始实验之前，最重要的步骤之一是阅读消毒剂产品标签，了解每种产品的使用范围、要求和限制，以确定消毒剂对哪种实验微生物有效以及消毒时间和使用液浓度等。如：用消毒剂活性成分为70%的异丙醇或季铵盐化合物来灭活细菌芽孢通常都会导致试验失败；即并不是所有的活性成分对所有类型的微生物有效。
二：正确配制消毒剂工作液浓度
如果使用浓缩杀菌剂，一定要注意制造商的配制和混合说明。在准备使用稀释剂时，准确地量取一定体积非常重要。稀释浓度不正确会导致高估或低估产品的效果。
三：正确制备试验微生物悬液
正确制备试验微生物悬液是任何消毒剂检验认证成功的关键。微生物悬液活性低以及其他的问题，如：微生物生理状态，孢子聚集、污染等都会影响实验结果。处于对数生长期的微生物会比稳定生长期和衰亡期的微生物对消毒剂更敏感。研究表明，聚集在一起的孢子比单个分散的孢子更难杀灭，因为当孢子聚集在一起时，消毒剂要穿透并与孢子充分接触是很困难的。也有研究表明，孢子聚集会使得孢子对过氧化氢的抗力增强，因为当存在聚集时，一些孢子可能受到聚集体中其他孢子产生的过氧化氢酶的保护。另外，当真菌孢子悬浮液中含有菌丝片段时，这些菌丝片段会保护孢子不与消毒剂接触，所以，在试验之前，应该保证悬液中含有95%以上的孢子。
四：明确物体表面情况
表面张力对消毒剂的鉴定试验也有非常大的挑战，表面张力是存在于液体分子之间的内聚力的结果，在消毒条件中反映为给定体积的液体所覆盖的表面积，表面张力大的液体比表面张力小的液体所覆盖的表面积小。除了液体的固有表面张力外，还应考虑界面张力。界面张力涉及消毒剂和表面之间的粘附力。不同消毒剂与不同物体表面的界面张力的差异，对消毒剂鉴定结果有显著的影响。如果消毒剂和物体表面之间存在较大界面张力，那么消毒剂可能会形成小液滴，这会使消毒剂与微生物的完全接触变得困难，进而导致消毒效果不符合标准。相反，如果消毒剂和载体之间存在较低的界面张力，消毒剂可能会流过载体的边界，导致难以达到所需的湿接触时间而使试验失败。
多孔和损坏的表面对消毒也会造成挑战，因为微生物可以卡在缝隙和裂缝中，受到保护而不与消毒剂接触。
五：中和剂鉴定
中和剂鉴定试验是消毒试验的重要组成部分，如果消毒剂没有被完全中和，那么试验中的消毒/作用时间就是不精确的，因为残留的消毒剂将继续发生作用，这将使我们高估消毒剂的消毒效果，从而使应用中消毒不足。除了在验证中证明中和剂的有效性，还必须评估中和剂对微生物的毒性。如果中和剂对微生物是有毒的，那中和剂的致死率将归因于消毒产品的杀灭效果，会使我们高估消毒剂的消毒效果。
六：回收表面残存微生物
英格尔提醒如何有效地回收表面残存的微生物至关重要，回收方法包括水洗、擦拭、接触电镀，涡流和超声处理。有许多因素会影响微生物的回收量，如拭子材料(如棉花、人造丝、聚酯、海藻酸钙)、物体表面的差异和分析技术的差异(如施加的压力)等都可能导致回收率不高。
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